Les antibiotiques rendraient les bactéries résistantes comme un entraînement rend un sportif plus fort. L’image est séduisante, mais elle confond deux mécanismes. La bactérie ne suit pas un stage de self-défense : c’est la population qui change.
Le piège du verbe « rendre » : la bactérie ne prend pas de cours
Dans une population bactérienne, les cellules ne sont pas toutes identiques. Certaines peuvent déjà porter une mutation qui modifie la cible de l’antibiotique, limite l’entrée de la molécule ou permet de mieux l’évacuer. D’autres acquièrent un gène de résistance, notamment sur un plasmide, un petit élément d’ADN transmissible entre bactéries.
Lorsque l’antibiotique agit, les bactéries sensibles sont davantage éliminées ou empêchées de se multiplier. Les bactéries résistantes ont alors moins de concurrence et deviennent proportionnellement plus nombreuses. L’antibiotique exerce une pression de sélection, il ne transmet pas une consigne d’adaptation.
La résistance peut être naturelle, lorsqu’une espèce est insensible à une molécule donnée. Elle peut aussi apparaître après une mutation ou l’acquisition d’un gène par transfert horizontal. Une bactérie peut alors recevoir de l’ADN d’une autre cellule au lieu d’attendre plusieurs générations.
Dans sa page publiée le 16 novembre 2023, l’Institut Pasteur décrit plusieurs mécanismes : modification de la cible, neutralisation de l’antibiotique et pompes d’efflux qui expulsent la molécule. La résistance concerne la bactérie, pas le corps humain qui reçoit le traitement.
Le filtre de sélection, suspect numéro un
Dire que les antibiotiques rendent les bactéries résistantes n’est donc pas entièrement absurde, mais la formulation est biologiquement imprécise. Elle transforme une modification de la fréquence des bactéries dans une population en apprentissage individuel de chaque cellule.
Le gène de résistance ne circule pas dans le vide
Un plasmide peut transmettre un gène de résistance entre bactéries. Ce transfert horizontal accélère la diffusion d’un caractère déjà présent dans une cellule. La résistance à une molécule ne signifie toutefois pas automatiquement une résistance à toutes les autres, car chaque antibiotique possède ses propres cibles et mécanismes d’action.
Le contexte compte aussi. Un article expérimental publié en 2023 dans ISME Communicationsintitulé Reduced selection for antibiotic resistance in community context is maintained despite pressure by additional antibioticsa comparé des paires de souches d’Escherichia coli avec et sans communauté microbienne modèle. Dans certaines conditions, la communauté réduisait la sélection observée, même lorsqu’un autre antibiotique agissait sur cette communauté. Le filtre antibiotique n’a donc pas la même intensité dans tous les milieux.
Santé publique France résume le mécanisme en décrivant une pression de sélection : les antibiotiques éliminent les bactéries sensibles et laissent davantage de place aux bactéries résistantes, qu’elles soient naturellement insensibles, mutées ou porteuses d’un gène acquis. Le dossier devient moins mystérieux dès qu’on cesse de demander à la bactérie si elle a « appris ».
Un traitement utile peut aussi sélectionner des résistances
Un traitement justifié n’est pas exempt de pression de sélection. Il peut éliminer les bactéries sensibles présentes dans l’organisme et favoriser temporairement les bactéries résistantes. Le bon usage réduit les expositions sans bénéfice, mais il ne transforme pas un traitement nécessaire en opération sans effet sur les populations bactériennes.
Le cas le plus simple est celui d’un antibiotique pris contre une infection virale. Une grippe ou un rhume ne sont pas causés par une bactérie ciblée par ces médicaments. L’antibiotique n’agit donc pas sur le virus, mais il expose les bactéries présentes dans l’organisme à une molécule qui peut sélectionner certaines résistances.
Le microbiote compte dans cette histoire. Des bactéries non pathogènes qui colonisent l’organisme peuvent héberger des gènes de résistance. Ces gènes constituent un réservoir susceptible de contribuer à leur diffusion vers d’autres bactéries.
Limiter les prises sans indication réduit les occasions de sélection. Le point pratique est donc précis : un antibiotique doit répondre à une infection bactérienne pour laquelle il est indiqué, et non servir de traitement par défaut contre un virus.
Après la boîte, l’enquête mène vers l’eau et le sol
La résistance ne se joue pas uniquement dans le corps d’un patient. Les bactéries et les gènes de résistance circulent entre les humains, les animaux et l’environnement par les contacts, l’eau, les aliments et les rejets. Les eaux usées peuvent réunir des bactéries d’origines différentes et des substances capables d’exercer une pression de sélection.
Les études bornent le verdict
Une revue publiée en 2024 dans npj Antimicrobials and ResistanceCo-selection for antibiotic resistance by environmental contaminantsdécrit la co-sélection. Des métaux, des biocides, des produits de protection des plantes et certains médicaments non antibiotiques peuvent contribuer à sélectionner des résistances. Les auteurs distinguent toutefois les mécanismes déjà bien documentés des pistes encore étudiées, notamment pour certains produits phytosanitaires.
Un article publié en 2024 dans Nature CommunicationsEvidence of horizontal gene transfer and environmental selection impacting antibiotic resistance evolution in soil-dwelling Listeriaa analysé 594 génomes correspondant à 19 espèces de Listeria isolées dans des sols aux États-Unis. Les chercheurs ont identifié cinq gènes de résistance potentiellement fonctionnels et des indices de transferts horizontaux récents. Ce résultat documente un rôle de l’environnement dans certaines évolutions, pas une règle automatique pour toutes les bactéries.
Une étude publiée en 2025 dans Nature CommunicationsAntibiotic resistance selection and deselection in municipal wastewater from 47 countriesa testé des eaux usées municipales provenant de 47 pays avec un ensemble de 340 souches d’Escherichia coli. Les échantillons de 14 pays sélectionnaient significativement une résistance à au moins une classe d’antibiotiques, tandis que la majorité sélectionnait plutôt contre la résistance. Aucun des 22 antibiotiques analysés n’a été identifié comme facteur principal de la sélection chez E. coli. Le milieu chimique ne raconte donc pas une histoire à sens unique.
Pourquoi cette légende tient-elle encore debout?
La phrase relie deux événements souvent observés : une personne prend un antibiotique, puis une résistance est détectée. Entre les deux, elle efface les mutations, les échanges de gènes, le microbiote et la sélection des survivantes. Une corrélation dans le temps ne suffit pas à décrire le mécanisme causal.
Le biais de confirmation rend l’explication intuitive encore plus solide. Après un traitement, si l’infection revient ou si une souche résistante est identifiée, l’idée d’une bactérie « entraînée » semble confirmer ce que l’on pensait déjà. L’effet de répétition fait le reste : une formule simple, reprise dans une conversation ou un message, finit par prendre l’allure d’un fait établi.
Le mécanisme exact tient en une phrase : les bactéries peuvent posséder ou acquérir des mécanismes de résistance, puis l’antibiotique favorise celles qui y échappent. Réduire les usages sans bénéfice, prévenir les infections et limiter la transmission des bactéries diminuent les occasions où cette sélection peut se produire.
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