Les bactéries sont-elles vraiment toutes dangereuses?

Encore une légende qui refuse de mourir : une bactérie serait forcément un danger. Le dossier est plus nuancé. Le mot désigne un immense ensemble d’organismes, dont beaucoup vivent avec nous sans provoquer de maladie et dont certains nous sont utiles.

Le raccourci « bactérie égale danger » passe mal l’examen

Une bactérie est une cellule autonome qui possède son propre matériel génétique et se multiplie par division. Elle peut vivre dans le sol, l’eau, les aliments, sur la peau, dans la bouche ou dans l’intestin. La simple présence d’une bactérie ne prouve donc pas qu’une maladie commence.

Le corps humain héberge naturellement des bactéries sur la peau, dans les muqueuses et dans l’intestin. Certaines bactéries intestinales dégradent des composants alimentaires que nos propres enzymes ne traitent pas seules. Elles peuvent aussi produire des vitamines et occuper l’espace où des microbes pathogènes chercheraient à s’installer.

Cette présence ne rend pas automatiquement malade. Les données utilisées pour développer l’outil BacPaCS, publiées dans Bioinformatics le 1er juin 2019 par Barash, Sal-Man, Sabato et Ziv-Ukelson, partent d’ailleurs d’un constat net : la plupart des souches bactériennes ne menacent pas la santé humaine et certaines peuvent même être bénéfiques. Le mot « bactérie » ne donne donc pas le verdict.

La même bactérie peut changer de décor, et le dossier change avec elle

Les bactéries pathogènes peuvent provoquer une infection ou produire des toxines. Vibrio cholerae est associé au choléra, tandis que Clostridium tetani produit la toxine responsable du tétanos. Ces cas montrent que certaines bactéries sont dangereuses. Ils ne permettent pas de coller cette étiquette à toutes les autres.

Entre les bactéries habituellement présentes sans effet et les agents infectieux, il existe les bactéries opportunistes. Elles peuvent devenir problématiques lorsqu’elles changent de lieu de colonisation ou profitent d’une plaie, d’une brûlure, d’une intervention médicale ou d’un affaiblissement des défenses immunitaires. Le lieu où se trouve la bactérie peut donc modifier le risque.

Un staphylocoque présent sans provoquer de maladie peut ainsi devenir responsable d’une infection après avoir franchi la barrière cutanée. La distinction entre espèce et souche compte aussi : des bactéries proches peuvent porter des gènes différents associés à la virulence. Mettre un ferment alimentaire, une bactérie du microbiote et un agent infectieux dans la même boîte donne une classification rapide, pas une analyse fiable.

Ce que les études regardent quand elles parlent de virulence

La virulence ne se lit pas dans le seul nom d’une bactérie. Les chercheurs examinent notamment les mécanismes qui favorisent l’invasion des cellules, la production de toxines, la résistance au stress ou la formation d’un biofilm.

Un article de Stuber, Frey, Burnens et Kuhnert, publié le 1er février 2003 dans Molecular and Cellular Probes sous le titre Detection of type III secretion genes as a general indicator of bacterial virulences’intéresse aux systèmes de sécrétion de type III chez des bactéries à Gram négatif. Ces systèmes peuvent transférer des facteurs de virulence vers des cellules eucaryotes. Dans les bactéries examinées, leur présence était corrélée à la pathogénicité et pouvait servir d’indicateur. Ce n’est pas un test universel qui classerait à lui seul toutes les bactéries.

Une revue de Porcheron et Dozois publiée le 8 avril 2015 dans Veterinary MicrobiologyInterplay between iron homeostasis and virulence: Fur and RyhB as major regulators of bacterial pathogenicitydécrit un autre morceau du dossier. Le fer est à la fois une ressource et un élément de régulation. Les régulateurs Fur et RyhB participent, chez des bactéries pathogènes, à l’adaptation à l’environnement de l’hôte et à la régulation de fonctions liées à l’invasion, aux toxines, à la motilité, à la résistance au stress et aux biofilms.

En juin 2019, l’étude BacPaCS-Bacterial Pathogenicity Classification via Sparse-SVMpubliée dans Bioinformatics par Barash, Sal-Man, Sabato et Ziv-Ukelson, a proposé un outil de classement fondé sur les protéines déduites du génome. Le modèle distinguait des bactéries hébergées par l’être humain selon leur potentiel pathogène, avec une bonne précision dans le jeu de données étudié. Une classification informatique aide à repérer des signatures, mais elle ne transforme pas la bactérie en interrupteur « dangereuse » ou « inoffensive ».

Pourquoi le mythe des bactéries hostiles à tout le monde survit

Le raccourci est séduisant parce qu’il tient en une règle facile : bactérie, donc maladie. Une infection ou une intoxication alimentaire fournit un récit visible. Les bactéries qui vivent discrètement sur la peau ou dans l’intestin, elles, offrent un dossier beaucoup moins spectaculaire.

Le biais de disponibilité renforce cette impression. On se rappelle plus facilement une alerte alimentaire ou une infection qu’une fonction ordinaire du microbiote. Le biais de confirmation peut ensuite faire entrer chaque nouvelle histoire dans le même scénario : si une personne associe déjà les microbes au danger, un cas pathologique semble confirmer que toutes les bactéries seraient à risque.

L’effet de répétition efface encore une nuance. « Certaines bactéries peuvent provoquer une maladie dans certaines conditions » devient, après plusieurs relais, « les bactéries sont dangereuses ». La légende fonctionne comme un jeu de téléphone arabe : le message circule mieux après avoir perdu ses précautions. Une belle simplification, un mauvais dossier.

Autre piège : la corrélation n’est pas la causalité. Trouver une bactérie chez une personne malade ne suffit pas toujours à prouver qu’elle a déclenché le problème. Elle peut être la cause, une conséquence du déséquilibre ou un simple témoin. Une boîte de Pétri n’est pas un tribunal.

Le bon réflexe n’est pas de déclarer la guerre à toutes les bactéries

La prévention vise les situations qui favorisent les infections, pas l’éradication de toute vie microbienne. La conservation et la préparation des aliments comptent pour limiter certains risques, tout comme le soin apporté à une plaie lorsqu’une bactérie peut franchir la barrière cutanée.

Le même principe vaut pour les traitements : le seul mot « bactérie » ne renseigne ni sur la virulence, ni sur le lieu de l’infection, ni sur la conduite à tenir. Les résistances aux médicaments ajoutent une difficulté supplémentaire, car une bactérie pathogène peut aussi présenter des caractéristiques qui compliquent son traitement.

Les bactéries ne sont pas toutes dangereuses. La plupart des souches bactériennes ne menacent pas la santé humaine, certaines participent au fonctionnement du microbiote et d’autres provoquent des infections. Le risque dépend de la bactérie, de ses propriétés, de l’endroit où elle se trouve et du contexte de santé.